Автором моста являлся профессор Н. А. Белелюбский, его соавтором — инженер Н. Б. Богуславский. Для моста были изготовлены пролетные строения консольно-балочной системы из сварочного железа. Подготовительные работы были начаты в мае 1893 года, когда на место будущего города прибыла группа мостостроителей, возглавляемая Г. М. Будаговым (в дальнейшем, в связи с его назначением помощником начальника строительства Среднесибирской железной дороги заканчивал монтаж пролетных строений инженер Н. М. Тихомиров).
24 июля 1894 года состоялась торжественная закладка первой опоры моста. К 28 марта 1897 года все строительные работы были выполнены, комиссией под председательством
Новониколаевск становится первым городом России, в котором вводится всеобщее начальное образование.
Уже в первый год существования поселка в российской печати появилось сообщение о том, что в районе строительства железнодорожного моста через р. Обь вырос с невероятной быстротой населенный пункт, который, по-видимому, должен иметь солидное будущее как крупный торговый центр («Записки Западно-Сибирского отдела императорского географического общества». Омск 1894 г. т. XXXV стр. 18). Поселок получил имя императора Александра III (Александровский), а в 1895 году поселок переименовали в честь нового царя в Новониколаевский.
В 1902 г. появились первые открытки с видами поселка на русском и французском языках, выпущенные московской фонотипией Шерера и Набгольца, а в 1904 г. подготовлен первый альбом видов города.
В этот период поселок претендует на выделение в самостоятельную административную единицу, на ранг посада или города. К 1903 году ему удается получить права безуездного города в упрощенном виде, затем, через пять лет, добиться полного городового положения. В эти годы в городе появляются отделения крупнейших российских банков — государственного, русско-азиатского, имевшего отделения не только в России, но и в Париже, Пекине, Тянь-Цзине, Иокогаме и Нагасаки, русского для внешней торговли банка, сибирского и др. Открывается главная сибирская контора «Международной компании жатвенных машин», созданной Морганом (США).
В 1905 году Новониколаевск являлся безуездным городом Томской губернии. Численность его населения, согласно данным первой однодневной переписи, проведенной 23.10.1905 года составляла 26 028 человек, из которых 10 769 являлись домохозяевами и членами их семей и 11 949 человек — квартиросъемщиками. К производственным зданиям города относились 4 паровых и 11 водяных мельниц, лесопильный, пивоваренный, кожевенный и 10 маслобойных заводов, 12 прядильных и 2 шубные мастерские, 35 кирпичных сараев, 22 прачечные. Кроме того, действовало около 200 столярных, слесарных, кузнечных, сапожных, пошивочных, хлебопекарных мастерских, 212 торговых заведений, 5 трактиров и 11 постоялых дворов, до десятка винных и пивных складов. Внутригородские перевозки осуществляли 250 легковых и 400 ломовых извозчика. Обыватели имели свыше 4 тысяч голов скота, в основном лошадей. На ситуацию в городе повлияла начавшаяся в 1904 году русско-японская война, следствием которой стали массовый призыв в армию части горожан и появление в городе гарнизона численностью в 1182 человека.
На всех этапах своего развития Новониколаевск-Новосибирск проявлял заботу о духовном начале, создавал объекты, формирующие его духовное лицо.
В первый же год своего существования, по инициативе инженера-строителя железнодорожного моста Г. М. Будагова, в городе открываются школа и народный театр (первыми учителями школы были А. Е. Трубин и А. И. Посольская), а 22 мая 1897 года закладывается добротный каменный собор Александра Невского. В 1898 году по инициативе Р. Л. Янкелевич-Чариной создается музыкально-драматический кружок, через два года предпринимателем Н. П. Литвиновым открывается типография.
В 1902 года заботами и усердием П. А. Смирновой было открыто детское учреждение для подготовки девочек и мальчиков (начиная с семилетнего возраста), к поступлению в иногородние гимназии. В 1905 году оно преобразовано в женскую прогимназию с четырехлетним сроком обучения (в 1916 году преобразуется в первую Новониколаевскую женскую гимназию).
В 1906 году начинает работать библиотека, основу которой составили 700 книг классиков художественной литературы, подаренных купцом Руниным. Редактор М. Ф. Курский и издатель Н. П. Литвинов начинают издавать городскую газету «Народная летопись» В этом же году Г. А. Бутович открывает частное мужское училище, готовящее юношей для поступления в технические вузы, а его жена 3. И. Бутович открывает частный детский сад.
В 1912 году Новониколаевск становится первым городом России, в котором вводится всеобщее начальное образование. В следующем году по инициативе Г. Е. Авксентьева создается оркестр в составе 25 балалаечников, скрипачей, свирельщиков и других музыкантов. В 1916 году открывается первая музыкальная школа С. Н. Заводовского по обучению игры на фортепиано, скрипке, виолончели и других оркестровых инструментах.