М узей города Новосибирска открылся 1 марта 2010 года. Находится в здании-памятнике истории регионального значения «Дом, где работал Ю. В. Кондратюк», постройки 1924 г. Первоначально с 1993 года в этом здании работал «Мемориальный музей имени Ю. В. Кондратюка».
Сегодня экспозиции и фонды этого музея вошли в состав Музея города. На 2-м этаже в постоянной экспозиции, посвященной одному из пионеров космонавтики, представлены уникальные фотографии и документы, модели ракет и космических кораблей, атрибуты жизни современных космонавтов. На 1-м этаже здания проходят сменные экспозиции, в 2014 году Музей начал работу над постоянной экспозицией об истории города Новосибирска.
Музей имеет семь филиалов в разных районах города: Ленинский, Центральный, Октябрьский, Железнодорожный, Заельцовский, Дзержинский, Калининский, Советский. Также в Музее работает Центр устной истории, который занимается сбором и хранением воспоминаний жителей о городе. Экспозиции обновляются 6-8 раз в год. В течение года Музей организует уличные экспозиции и экспозиции в метро. Музей ведет странички Новосибирских памятников истории и архитектуры на портале Hystorypin. ru, а также занимается размещением справочных табличек с QR-кодами на памятниках Музей проводит экскурсии не только в собственном здании, но и вне его стен. Экскурсии проходят по историческим местам Новониколаевска-Новосибирска.
Ежегодно Музей выступает куратором всех площадок на таких массовых мероприятиях, как Ночь Музеев и Вечер музеев. С 2013 года Музей организует 3D-маппинг на фасаде здания во время этих мероприятий. Партнерами Музея города Новосибирска являются музеи, организации в сфере образования и культуры, жители города, предоставляющие на выставки или передающие в дар уникальные документы, фотографии, предметы.